자기주식, 회사에 주식을 넘길 때 세금이 갈리는 지점 — 양도소득과 의제배당, 그리고 개정 상법

최종 수정일: 2026년 11월 2일

지난주 시흥에서 자동차 부품을 만드는 P법인 대표와 주주 정리 방법을 이야기했습니다. 공동 창업자였던 동업자가 은퇴하면서 지분을 정리하고 싶어 했는데, 개인끼리 사고팔 돈이 마땅치 않자 회사가 그 주식을 사 주는 방법을 검토하고 있었습니다. 대표 본인도 비슷한 방식으로 지분 일부를 현금화할 수 있느냐고 물었습니다. “회사가 사 주면 양도소득세 20%만 내면 되는 거죠?”

2026년 3월 상법이 바뀐 뒤로는 그렇게 단순하지 않습니다. 같은 500,000,000원을 받아도 세금이 양도소득세로 붙느냐 배당소득세로 붙느냐에 따라 손에 남는 돈이 50,000,000원 넘게 달라집니다. 이 글은 회사가 주주의 주식을 사 줄 때 세금이 어디서 갈리는지를 P법인의 숫자로 정리한 기록입니다. 회사명과 일부 숫자는 바꿨습니다.

개정 상법 — 자기주식은 원칙적으로 1년 안에 소각합니다

회사가 자기주식을 취득하는 것 자체는 배당가능이익 범위 안에서 주주총회 결의로 할 수 있습니다(상법 제341조). 달라진 것은 그다음입니다. 2026년 3월 6일 신설된 상법 제341조의4는 회사가 자기주식을 취득하면 취득한 날부터 1년 안에 소각하도록 정했습니다. 상장 여부와 관계없이 모든 주식회사에 적용됩니다.

예외적으로 계속 보유하거나 처분하려면, 법이 정한 예외 사유에 해당하고 자기주식 보유·처분 계획을 만들어 주주총회 승인을 받아야 합니다. 승인은 매년 다시 받습니다. 개정 전부터 회사가 갖고 있던 자기주식은 뒤에서 따로 정리했습니다.

양도소득인가, 의제배당인가 — 취득 목적이 가릅니다

현행 세법에서 주주가 회사에 주식을 넘기고 받은 돈은 두 가지로 과세됩니다. 회사가 소각할 목적으로 사들였다면 주식을 소각하면서 돌려받은 돈으로 보아, 취득가액을 넘는 금액이 배당소득(의제배당)이 됩니다(소득세법 제17조 제2항 제1호). 회사가 보유하거나 다시 팔 목적으로 사들였다면 일반적인 주식 양도로 보아 양도소득세가 붙습니다(같은 법 제104조).

개정 상법은 이 구분에 직접 영향을 줍니다. 1년 안에 소각하는 것이 원칙이 되었으니, 보유·처분 계획 없이 사들인 자기주식은 처음부터 소각할 목적이었다고 볼 여지가 커졌습니다. 회사가 특정 주주의 주식을 시가보다 비싸게 사 주면 법인세법상 부당행위계산 부인과 다른 주주에 대한 증여 문제도 함께 생깁니다.

P법인의 숫자 — 같은 500,000,000원, 손에 남는 돈의 차이

대표가 100,000,000원에 취득한 주식을 회사가 500,000,000원(비상장주식 평가액과 같은 금액)에 사들인다고 가정했습니다. 대표는 대주주이고, 다른 금융소득은 없으며 근로소득 과세표준은 150,000,000원입니다.

차이는 50,583,500원입니다. 대표의 다른 소득이 많을수록 의제배당 쪽 세율이 올라가 차이는 더 벌어집니다. 의제배당은 회사가 돈을 줄 때 15.4%(61,600,000원)를 먼저 원천징수하고, 나머지는 다음 해 5월 종합소득세 신고 때 정산합니다. 증권거래세는 표에서 뺐습니다.

2027년부터는 목적과 관계없이 배당으로 과세하는 정부안

정부가 2026년 8월 발표한 세제개편안에는, 2027년 1월 1일 이후 회사가 주주로부터 자기주식을 취득하면 취득 목적과 관계없이 취득가액을 넘는 금액을 의제배당으로 과세하는 방안이 들어 있습니다. 증권시장에서 사들이는 경우는 제외됩니다. 아직 국회를 통과한 법이 아니므로 확정 내용은 다시 확인해야 하지만, 비상장회사가 대표나 동업자의 주식을 사 주는 거래는 이 방안이 그대로 통과되면 양도소득 과세의 길이 사실상 닫힙니다.

이미 보유한 자기주식 — 2027년 9월 5일까지 정리합니다

개정 전부터 회사가 갖고 있던 자기주식은 시행일부터 1년 6개월 뒤인 2027년 9월 5일까지 소각하거나, 보유·처분 계획에 대한 주주총회 승인을 받아야 합니다. 과태료 규정(상법 제635조)은 상장회사를 중심으로 짜여 있지만, 소각 의무 자체는 비상장회사에도 똑같이 적용됩니다.

오래전에 사 둔 자기주식을 지금 소각할 때의 걱정은, 과세관청이 당시 거래를 처음부터 출자금을 돌려준 것으로 보고 의제배당으로 다시 따지려 할 수 있다는 점입니다. 그래서 이때도 기록이 핵심입니다. 취득 당시 이사회 의사록에 적힌 목적, 그동안 임직원 보상이나 제3자 매각을 실제로 검토한 흔적, 이번 소각이 개정 상법에 따른 의무 이행이라는 점을 적은 소각 결의 의사록, 취득대금이 주주 개인에게 간 뒤 회사로 되돌아오지 않았다는 자금 흐름 자료를 지금 정리해 두어야 합니다.

자기주식을 가진 상태에서 회사 주식 가치를 어떻게 평가하는지는 자기주식을 보유한 비상장법인의 평가 포인트에서 다뤘습니다. 소각 전후로 남은 주주의 지분율과 1주당 가치가 달라지므로 승계 계획과 함께 봐야 합니다.

대표의 돈 관점 — 언제, 누구의 주식을, 어떤 순서로

CFP^®로서 P법인 대표와 가장 길게 이야기한 부분은 세율이 아니라 순서였습니다. 은퇴하는 동업자의 지분 정리는 회사 지배구조를 위해 꼭 필요한 일이고, 동업자는 다른 소득이 적어 의제배당으로 과세돼도 부담이 대표보다 작았습니다. 반면 대표 본인의 지분 현금화는 급여·퇴직금·배당 같은 다른 길과 비교할 수 있었습니다. 대표가 회사 돈을 받는 경로별 세금은 급여 vs 배당 비교 계산기로 함께 비교했습니다.

지분을 정리하면 남은 주주의 지분율과 주식 가치도 바뀝니다. 가업승계를 생각한다면 정리 전후의 주식 가치를 비상장주식 평가 계산기로 미리 계산해 두는 편이 좋습니다. 회사가 사들일 때의 과세 방식별 세금은 자기주식 매입 시뮬레이터에 숫자를 넣어 바로 비교할 수 있습니다.

절차와 기록 — 과세 방식을 지키는 네 가지 서류

어느 쪽으로 과세되든, 거래가 정당한 절차를 거친 자본거래였다는 기록이 남아야 합니다. 첫째, 정관의 자기주식 취득 근거와 주주총회 결의입니다. 둘째, 비상장주식 평가 보고서입니다. 시가가 흔들리면 부당행위계산 부인과 증여 문제가 따라옵니다.

셋째, 취득 목적을 적은 이사회 의사록과, 보유하거나 처분한다면 주주총회에서 승인받은 자기주식 보유·처분 계획입니다. 소각 예정인데 처분 목적이라고만 적어 두는 것은 오히려 위험하므로, 실제 계획과 서류가 일치해야 합니다. 넷째, 주식 양수도 계약서와 대금 지급 기록입니다. 이 서류들은 최소 5년 이상 보관합니다.

CFP^®가 실행 전에 함께 보는 네 가지

세무 신고는 거래가 끝난 뒤 과세 방식을 확정하는 일입니다. CFP^®는 거래 전에 그 선택이 주주 각자의 가계와 회사의 지배구조, 승계 계획에 어떻게 이어지는지를 봅니다. P법인과 함께 확인한 것은 네 가지였습니다.

첫째, 주식을 넘기는 주주 각자의 다른 소득입니다. 의제배당으로 과세될 때의 세율이 사람마다 다르고, 다른 금융소득과 합쳐지는 해를 피해 실행 연도를 나누는 방법도 있습니다. 둘째, 회사의 배당가능이익과 현금입니다. 자기주식 취득은 배당가능이익 범위 안에서만 가능합니다. 셋째, 2027년 정부안의 국회 통과 여부와 시행 시기입니다. 넷째, 정리 후 남는 주주 구성과 주식 가치가 승계 계획과 맞는지입니다.

P법인이 정한 세 가지

상담을 마치며 P법인 대표가 정한 일은 세 가지였습니다. 동업자의 지분은 평가 보고서를 받아 올해 안에 회사가 사들여 소각하고, 의제배당 과세를 전제로 동업자에게 세후 수령액을 미리 알려 준다. 대표 본인의 지분 현금화는 자기주식 대신 퇴직금 규정과 배당 계획으로 다시 설계한다. 12월 국회의 세법 개정 결과를 보고 내년 이후 일정을 확정한다. 같은 거래라도 누구의 주식을 언제 정리하느냐에 따라 세금과 지배구조가 함께 달라진다는 것을 숫자로 확인한 상담이었습니다.

이 글의 계산은 2026년 10월에 확인한 상법, 소득세법 조문과 2026년 세율을 바탕으로 한 예시이며, 증권거래세와 다른 공제는 반영하지 않았습니다. 실제 세액은 주주의 다른 소득과 거래 조건, 취득 목적에 대한 사실관계에 따라 달라집니다. 주주 정리와 대표 지분 현금화를 회사와 가족의 계획 안에서 함께 점검해 보고 싶으시면 플러스원자문그룹 상담 신청에 지분 구조와 고민을 남겨 주세요.