기업가치평가 중 자기주식을 보유한 비상장법인, 지분 이동 전 확인해야 할 3가지 평가 포인트

최종 수정일: 2026년 11월 3일

얼마 전 자문하고 있는 한 비상장법인에서 지분 이동을 검토하며 문의를 주셨습니다. “저희 회사는 자기주식을 좀 갖고 있는데, 이게 주식 평가에 영향을 주나요?”라는 질문이었습니다.
결론부터 말씀드리면 — 영향을 줍니다. 그것도 평가액이 뒤집힐 수 있을 만큼 큰 영향입니다. 국세청 「비상장주식 등 평가서」 서식과 상증세법 시행령 제54조를 기준으로, 자기주식이 개입될 때 무엇을 확인해야 하는지 CFP^®·세무 실무 관점에서 정리해 드립니다.

비상장주식 평가의 기본 — 순손익가치와 순자산가치

비상장주식은 원칙적으로 순손익가치와 순자산가치를 가중평균해서 1주당 평가액을 산정합니다(상증세법 제63조, 시행령 제54조).

1주당 평가액 = Max [ (순자산가치×2 + 순손익가치×3) ÷ 5 , 순자산가치×80% ]

· 순자산가치 = 순자산가액 ÷ 발행주식총수
· 순손익가치 = 최근 3년간 순손익액의 가중평균액(1년전×3 + 2년전×2 + 3년전×1)÷6 ÷ 순손익가치환원율(현행 10%)

부동산과다보유법인(자산총액 중 부동산 비율 50% 이상)은 이 가중치가 (순자산가치×3 + 순손익가치×2)÷5로 역전됩니다. 그리고 2018년 2월 13일 개정 이후에는, 계산값이 순자산가치의 80%에 미달하면 순자산가치의 80%를 하한으로 적용합니다(시행령 제54조 제1항 단서). 서식의 하한선 항목이 바로 이 부분입니다. 청산 중이거나 사업개시 3년 미만, 휴폐업, 자산 중 부동산 80% 이상 등 시행령 제54조 제4항에 해당하는 법인은 순자산가치만으로 평가합니다.

여기까지는 일반적인 로직입니다. 문제는 자기주식을 보유한 법인은 이 구조 전체에 걸쳐 세 지점에서 별도의 판단이 필요하다는 점입니다.

자기주식이 평가에 끼어드는 세 지점

① 자산총액 — 자기주식이 자산으로 잡혀 있는지부터 확인해야 합니다.

현행 일반기업회계기준·K-IFRS에서 자기주식은 취득원가로 자본조정(자본 차감항목)에 계상하고, 자산으로 인식하지 않는 것이 원칙입니다. 재무상태표를 원칙대로 작성했다면 별도 조정 없이 그대로 사용하면 됩니다.
다만 실무에서는 구 회계처리 관행이나 오류로 자기주식이 유동자산·투자자산 등으로 잘못 계상된 사례가 종종 발견됩니다.
이 경우 그대로 두면 자산이 과대계상되어 순자산가치가 왜곡(과대평가)되므로, 평가차액 조정 단계에서 반드시 자본조정 항목으로 재분류하거나 자산에서 차감해야 합니다.
재무제표를 먼저 확인해야 하는, 실무상 가장 흔한 오류 지점입니다.

② 발행주식총수 — 여기가 가장 다투어지는 쟁점입니다.

상법상 자기주식은 소각하지 않는 한 발행주식총수 자체를 줄이지 않습니다.
그래서 과세관청의 다수 예규·해석은 순자산가치·순손익가치 계산의 분모인 발행주식총수에 자기주식을 포함하는 것을 원칙으로 삼고 있습니다.
그런데 이 원칙을 그대로 적용하면, 순자산가액(분자)은 자기주식 취득으로 이미 줄어들어 있는데 분모는 그대로 나누게 되어 실질 유통주식 1주당 가치가 왜곡(과소평가)될 수 있다는 비판이 꾸준히 제기돼 왔습니다.

자기주식의 취득목적이 소각예정인지, 향후 재매각·상여 지급용인지 등 개별 사실관계에 따라 조세심판원 결정례가 갈리는 경우도 있습니다.

③ 순손익가치 계산의 사업연도말 주식수(서식 상 별도 항목)도 같은 논리 구조입니다.

순자산가치와 순손익가치 계산에서 분모 기준을 서로 다르게 적용하면 평가액 자체의 논리적 일관성이 깨지므로, 두 계산 모두 같은 기준(발행주식총수 기준, 자기주식 포함)을 일관되게 적용해야 합니다.

신고할 때의 원칙 — 발행주식총수에 자기주식 포함

세무·재무 두 관점을 종합적으로 고려하면, 다음과 같이 접근하는 것을 권해드립니다.

• 원칙: 발행주식총수에 자기주식을 포함하여 계산합니다. 과세관청 실무 입장에 부합해서 신고 시 다툼 여지가 가장 적은 방법입니다.
  
• 예외 검토: 금액 규모가 크거나 상속·증여·양도가 임박한 사안이라면, 자기주식의 취득 경위·목적·소각 계획 여부를 먼저 확인한 뒤 필요시 국세청 서면질의나 사전 검토의견서를 받아두시길 권합니다. 평가액이 뒤집힐 경우 세액 차이가 크기 때문에, 이 지점은 반드시 개별 사안별 판단이 필요합니다.

숫자로 보면 — 발행주식총수 기준에 따른 평가액 차이

아래는 이해를 돕기 위한 가정 예시입니다. 자기주식 취득 후 순자산가액이 40억원, 발행주식총수는 자기주식 10,000주를 포함해 100,000주(자기주식 제외 시 90,000주)라고 가정합니다.

1주당 4,444원(약 11.1%) 차이로, 상속·증여·양도 대상 지분이 30,000주라면 평가액 전체로는 약 133,333,000원이 부풀려집니다. 원칙과 다른 기준으로 신고했다가 과세관청이 정정하면 이 차액에 대해 과소신고가산세까지 더해질 수 있어, 평가 전 재무제표상 자기주식 계상 위치와 발행주식총수를 반드시 먼저 확인해야 합니다.

자기주식 취득에 함께 따라오는 위험

자기주식 취득은 순자산가액을 낮춰 상속·증여 이전의 평가액을 낮추는 절세 수단으로 활용되는 경우가 실무상 많습니다. 다만 다음 리스크는 반드시 함께 검토해야 합니다.

세무 리스크 — 자기주식 취득이 실질적으로 이익소각·주주간 지분 정리 목적이라면 의제배당(법인세법 제16조) 과세 문제, 특정법인과의 거래를 통한 이익분여(상증세법 제45조의5) 문제, 시가에 미달하는 가액으로 취득했다면 부당행위계산부인(법인세법 제52조) 리스크가 함께 발생할 수 있습니다.
취득가액이 상증세법상 시가와 괴리될 경우 오히려 과세관청이 별도 쟁점을 제기할 소지가 있습니다.

법률 리스크 — 상법 제341조에 따라 자기주식 취득은 배당가능이익 한도 내에서만 가능하고, 이사회 결의 등 절차 요건을 충족하지 못하면 취득 자체가 무효로 다투어질 수 있습니다.
이 경우 평가의 전제 자체가 흔들리므로 법률자문과 병행 검토가 필요합니다.

최대주주 할증평가와의 연계 — 상증세법 제63조 제3항의 최대주주 할증평가(20%~30%) 적용 여부를 판단할 때 지분율 산정의 분모도 발행주식총수를 기준으로 하므로, 위 발행주식총수 처리 방향에 따라 최대주주 지분율 구간(50% 초과 여부)이 달라져 할증율 자체가 바뀔 수 있습니다.
이 부분까지 연동해서 검토해야 최종 세액 영향을 정확히 파악할 수 있습니다.

CFP^® 실무에서 본 사례

우리 회사의 자기주식, 지분 이동 전 평가액에 어떤 영향을 미치는지 확인해 보셨나요?
얼마 전 자문한 법인은 과거 회계처리 관행상 자기주식 일부가 투자자산으로 잘못 계상되어 있었습니다. 이를 그대로 두고 평가했다면 순자산가치가 실제보다 부풀려져 상속·증여 시 세부담이 커질 뻔했습니다. 재무제표를 다시 확인해 자본조정 항목으로 재분류한 뒤에야 정확한 평가액이 나왔습니다. 지분 이동을 앞두고 있다면, 평가에 들어가기 전 재무제표부터 다시 한번 점검하시길 권해드립니다. 재무제표 점검부터 발행주식총수 처리 방향까지 함께 짚어드립니다.