부모님 명의 사업용 부동산을 자녀 법인이 살 때 — 절차, 시가, 세금을 한 번에

최종 수정일: 2026년 11월 2일

지난주 서울 성동구에서 인쇄업을 하는 Q대표가 아버지 명의의 공장 건물 등기부를 들고 왔습니다. 2년 전 세운 법인이 그 건물을 임차해 쓰고 있는데, 이참에 법인이 건물을 사들이고 싶다는 이야기였습니다. “가족끼리니까 시세보다 좀 싸게 넘겨받아도 되겠죠? 아버지도 그러자고 하시고요.”

가족 간 부동산 거래는 가격 하나로 세금이 세 곳에서 동시에 움직입니다. 아버지의 양도소득세, 법인의 취득세와 법인세, 그리고 법인 주주인 자녀의 증여세입니다. 이 글은 부모님 명의 사업용 부동산을 자녀가 주주인 법인이 사들일 때의 절차와 세금을 Q대표의 숫자로 정리한 기록입니다. 회사명과 일부 숫자는 바꿨습니다.

먼저 구분할 것 — 매매인가, 법인전환인가

부모님이 그 부동산으로 직접 사업을 하고 있었다면 사업 자체를 법인으로 넘기는 법인전환(현물출자나 사업양수도)을 검토할 수 있습니다. 요건을 갖추면 양도소득세 이월과세와 취득세 50% 감면을 받을 수 있지만, 부동산 임대업은 취득세 감면에서 빠집니다. 방식별 차이는 개인사업자 법인전환, 세금까지 챙기려면에 정리해 두었습니다. Q대표처럼 부모님은 임대만 하고 사업은 자녀 법인이 하는 경우라면 보통의 매매로 봅니다.

실무 순서 — 감정평가부터 잔금까지 다섯 단계

첫째, 감정평가로 시가를 정합니다. 가족 간 거래는 시가가 모든 세금의 기준이 되므로, 감정평가법인의 평가액을 받아 두는 것이 출발점입니다. 둘째, 법인의 이사회 결의를 받습니다. 대표가 매도인의 가족이라면 이해관계가 있는 거래이므로 결의 과정을 기록으로 남깁니다. 셋째, 매매계약서를 쓰고 계약금을 지급합니다.

넷째, 자금을 준비합니다. 매매대금, 취득세, 부가가치세까지 포함한 총액을 계산해 대출과 회사 자금으로 나눕니다. 다섯째, 잔금을 치르고 취득일부터 60일 안에 취득세를 신고·납부합니다. 아버지는 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 양도소득세를 예정신고합니다.

잔금 뒤에도 챙길 것이 있습니다. 법인이 산 부동산을 실제 사업에 쓰지 않으면 업무무관자산이 되어, 그만큼의 차입금 이자가 비용으로 인정되지 않습니다(법인세법 제28조). 취득 후 일정 기간(일반 부동산 2년, 건축물을 지을 토지 5년)은 판단이 미뤄지지만, 그 안에 사업에 쓰지 않으면 문제가 됩니다. Q대표처럼 법인이 이미 쓰고 있는 건물이라도 사용 현황을 기록으로 남겨 둡니다. 국내 은행에서 받은 대출은 국외 특수관계자 차입에 적용되는 과소자본세제와는 관계가 없습니다.

가격이 세금을 정합니다 — 시가와 3억원·30% 기준

가족 간 거래 가격이 시가에서 벗어나면 세 가지 규정이 동시에 걸립니다. 아버지가 시가보다 싸게 팔면, 시가와의 차이가 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상일 때 양도소득세는 시가로 다시 계산됩니다(소득세법 제101조, 같은 법 시행령 제167조). 동시에 자녀가 지분을 30% 이상 가진 법인이 시가보다 30% 이상 또는 3억원 이상 싸게 산 경우, 그 이익에 자녀의 지분율을 곱한 금액이 1억원 이상이면 자녀가 증여받은 것으로 봅니다(상속세 및 증여세법 제45조의5). 반대로 법인이 시가보다 비싸게 사 주면 법인 쪽에서 부당행위계산 부인으로 시가를 넘는 금액이 비용으로 인정되지 않습니다(법인세법 제52조).

싸게 넘기면 아버지의 양도소득세는 줄지 않고 자녀에게 증여세만 더해집니다. 비싸게 넘기면 회사 돈이 아버지에게 넘어가는 것으로 보아 법인과 아버지 양쪽에 문제가 생깁니다. 가족 간 거래는 시가에 맞추는 것이 결국 가장 세금이 적은 선택이라는 뜻입니다. 가족 간 거래 전반에 걸리는 규정은 법인 주식을 사고팔 때와 구조가 같으므로 주식양수도·증여세 비교 계산기의 판정 기준도 참고가 됩니다.

Q대표의 숫자 — 취득세와 부가가치세가 먼저 나갑니다

Q대표의 법인은 서울에서 설립된 지 2년이라 대도시 중과 대상입니다. 같은 1,500,000,000원 건물이라도 취득세 등이 4.6%가 아니라 9.4%입니다. 아버지가 임대사업자라 건물분에는 부가가치세도 붙습니다. 건물분 가액을 600,000,000원으로 가정했습니다.

대도시 중과 판정 기준은 법인 명의 부동산 취득 시 취득세 중과 판단 기준에서 자세히 다뤘습니다. 부가가치세는 아버지의 임대사업을 법인이 그대로 이어받는 사업양도로 구성하면 과세되지 않을 수 있습니다. 다만 Q대표처럼 건물을 임차해 쓰던 법인이 직접 사는 경우에는 임대사업이 이어지지 않아 사업양도로 인정받기 어려운 것이 일반적이므로, 부가가치세를 낸다고 보고 자금을 준비하는 편이 안전합니다.

토지와 건물 가액을 어떻게 나누느냐도 중요합니다. 부가가치세는 건물분에만 붙으므로 계약서에 토지와 건물 가액을 감정평가 비율대로 나눠 적어 둡니다. 법인 쪽에서는 건물분만 감가상각으로 비용이 되므로, 이 구분이 이후 법인세에도 이어집니다. 부동산을 가진 법인은 나중에 주식을 넘길 때 과점주주 취득세 문제도 생길 수 있는데, 이 내용은 부동산 보유 법인의 주식 이전 시 과점주주 간주취득세에서 다뤘습니다.

대표의 돈 관점 — 아버지의 노후와 법인의 대출을 한 장에

CFP^®로서 Q대표와 가장 길게 이야기한 부분은 아버지의 노후였습니다. 아버지는 그 건물 임대료로 생활하고 계셨습니다. 건물을 팔면 매달 들어오던 임대료 대신 매매대금이 한꺼번에 들어오고, 그 돈에서 양도소득세를 내고 나머지로 노후 생활비를 다시 설계해야 합니다. 매매대금을 받은 뒤 아버지가 그 돈을 다시 자녀에게 주면 그것은 별도의 증여가 됩니다.

법인 쪽에서는 대출 상환이 임대료보다 무거워지지 않는지를 봤습니다. 지금 아버지에게 내는 임차료가 매달 법인 밖으로 나가는 돈이라면, 매입 후에는 대출 원리금이 그 자리를 대신합니다. 매입하지 않고 임차를 이어 간다면 그 임차료가 시가에 맞는지부터 확인해야 하는데, 기준은 특수관계자 간 부동산 임대차 시 적정임대료 판단에서 다뤘습니다. 두 금액을 나란히 놓고, 취득세 141,000,000원과 부가가치세 60,000,000원이 잔금 때 한꺼번에 나간다는 점까지 자금 계획에 넣었습니다. 상속까지 생각한다면 건물을 아버지 명의로 두었을 때와 법인 명의로 옮겼을 때의 상속세도 함께 비교해야 합니다.

CFP^®가 계약 전에 함께 보는 네 가지

세무 신고는 거래가 끝난 뒤 각자의 세금을 정확히 계산하는 일입니다. CFP^®는 거래 전에 그 가격과 일정이 부모님의 노후, 법인의 자금, 자녀의 지분에 어떻게 이어지는지를 봅니다. Q대표와 함께 확인한 것은 네 가지였습니다.

첫째, 감정평가로 정한 시가와 실제 거래 가격이 같은지입니다. 둘째, 법인의 설립일과 소재지로 본 취득세 중과 여부입니다. 셋째, 아버지의 양도소득세와 매각 후 노후 생활비 계획입니다. 넷째, 법인의 대출 원리금이 지금의 임차료와 비교해 감당할 만한지입니다.

Q대표가 정한 세 가지

상담을 마치며 Q대표가 정한 일은 세 가지였습니다. 감정평가를 받아 그 금액 그대로 계약한다. 대도시 중과로 늘어나는 취득세 72,000,000원을 감안해 매입 시점을 법인 설립 5년이 되는 해까지 늦출지, 지금 살지를 임차료와 비교해 정한다. 아버지의 매각대금 운용 계획을 함께 세워 노후 생활비가 끊기지 않게 한다. 가족 간 거래는 싸게 하는 것이 아니라 시가에 맞추고 일정을 설계하는 것이 세금을 줄이는 길이라는 것을 확인한 상담이었습니다.

이 글의 계산은 2026년 10월에 확인한 소득세법, 상속세 및 증여세법, 지방세법 조문을 바탕으로 한 예시이며, 아버지의 실제 양도소득세액과 지방자치단체별 감면은 반영하지 않았습니다. 실제 세금은 부동산의 용도와 취득 이력, 법인의 설립·전입 이력, 주주 구성에 따라 달라집니다. 가족 간 부동산 거래는 가격보다 시가와 일정을 먼저 맞춰 보는 것이 순서입니다.