세액공제와 감면, 같이 받을 수 있는 것과 하나만 골라야 하는 것

최종 수정일: 2026년 11월 3일

지난주 김포에서 금속 가공 공장을 운영하는 N법인 대표와 법인세 신고 전 숫자를 맞춰 보는 자리가 있었습니다. 대표는 메모지에 세 줄을 적어 왔습니다. 중소기업특별세액감면, 기계 산 것 투자세액공제, 연구소 인건비 세액공제. “이 세 개 다 받으면 되는 거죠?”

셋 가운데 둘은 같은 해에 함께 받을 수 없었습니다. 그리고 어느 쪽을 고르느냐에 따라 올해 세금이 8,000,000원 달라졌습니다. 이 글은 세액공제와 감면 가운데 무엇을 함께 받을 수 있고 무엇은 하나만 골라야 하는지, 고를 때 무엇을 보는지를 N법인의 숫자로 정리한 기록입니다. 회사명과 일부 숫자는 바꿨습니다.

감면과 공제 — 이름보다 세 가지 차이가 중요합니다

세액감면은 특정 사업에서 생긴 소득에 대한 세금을 일정 비율만큼 깎아 주는 제도입니다. 창업중소기업 세액감면과 중소기업특별세액감면이 대표적입니다. 세액공제는 투자, 고용, 연구개발처럼 회사가 한 행동의 금액을 기준으로 계산한 금액을 세금에서 빼 주는 제도입니다. 이름은 비슷하지만 신고서에서는 세 가지가 다르게 움직입니다. 최저한세에 걸리는지, 못 받은 금액이 다음 해로 넘어가는지, 농어촌특별세가 붙는지입니다.

제도 (조세특례제한법)	성격	최저한세	못 받은 금액 이월	농어촌특별세
창업중소기업 세액감면 (제6조)	감면	적용 (100% 감면 과세연도는 제외)	안 됨	비과세
중소기업특별세액감면 (제7조)	감면	적용	안 됨	비과세
통합투자세액공제 (제24조)	공제	적용	10년	공제액의 20%
통합고용세액공제 (제29조의8)	공제	적용	10년	공제액의 20%
사회보험료 세액공제 (제30조의4)	공제	적용	10년	비과세
연구·인력개발비 세액공제 (제10조)	공제	중소기업은 적용 제외	10년	비과세

최저한세는 조세특례제한법 제132조, 이월공제는 같은 법 제144조, 농어촌특별세 비과세는 농어촌특별세법 제4조와 같은 법 시행령 제4조가 정합니다. 표에서 가장 중요한 칸은 이월입니다. 공제는 올해 다 받지 못해도 10년 동안 넘어가지만, 감면은 그해에 받지 못하면 그것으로 끝납니다.

같이 받을 수 있는 조합, 하나만 골라야 하는 조합

어떤 감면과 공제를 함께 받을 수 있는지는 조세특례제한법 제127조(중복지원의 배제)가 정합니다. 규칙은 크게 세 가지입니다. 같은 해에 감면과 통합투자세액공제 같은 일부 공제가 함께 적용될 수 있으면 하나만 고릅니다(제4항). 같은 사업장에 감면이 둘 이상 적용될 수 있으면 하나만 고릅니다(제5항). 통합고용세액공제는 사회보험료 세액공제나 고용증대세액공제를 받지 않은 경우에만 받습니다(제11항).

같은 과세연도의 조합	함께 받을 수 있나	근거 (제127조)
창업중소기업 세액감면 + 중소기업특별세액감면 (같은 사업장)	하나만	제5항
창업중소기업 세액감면 + 통합투자세액공제	하나만	제4항
창업중소기업 세액감면 + 사회보험료 세액공제	하나만	제4항
창업중소기업 세액감면 + 통합고용세액공제	2025년 1월 1일 이후 창업한 기업은 불가, 그 전에 창업한 기업은 가능	제4항 단서
창업중소기업 세액감면 + 연구·인력개발비 세액공제	가능	—
중소기업특별세액감면 + 통합투자세액공제	하나만	제4항
중소기업특별세액감면 + 통합고용세액공제	가능	—
중소기업특별세액감면 + 사회보험료 세액공제	가능	제4항 괄호
중소기업특별세액감면 + 연구·인력개발비 세액공제	가능	—
통합투자세액공제 + 통합고용세액공제 + 연구·인력개발비 세액공제	모두 가능	—
통합고용세액공제 + 사회보험료 세액공제	하나만	제11항

표에서 놓치기 쉬운 줄이 두 개 있습니다. 하나는 창업감면과 통합고용세액공제입니다. 2024년 12월 법 개정으로 2025년 1월 1일 이후 창업한 기업부터는 창업감면을 받는 해에 통합고용세액공제를 함께 받을 수 없게 됐습니다. 다른 하나는 중소기업특별세액감면과 사회보험료 세액공제입니다. 창업감면과는 함께 받을 수 없지만, 중소기업특별세액감면과는 함께 받을 수 있습니다. 감면 사업과 다른 사업을 장부에서 나눠 기록하고, 다른 사업에서 공제를 받는 경우에는 중복으로 보지 않는다는 예외도 있습니다(제10항).

N법인의 숫자 — 감면 16,000,000원과 투자공제 30,000,000원

N법인은 김포, 즉 수도권에 있는 제조업 소기업이라 중소기업특별세액감면율이 20%입니다. 올해 과세표준은 500,000,000원이고 모두 감면 대상 소득이라고 가정했습니다. 올해 설비에 300,000,000원을 투자했는데 직전 3년 연평균 투자금액과 같아 추가공제는 없고, 연구소 연구원 인건비로 80,000,000원을 썼습니다. 중소기업특별세액감면과 통합투자세액공제는 하나만 고를 수 있고, 연구·인력개발비 세액공제는 어느 쪽을 골라도 함께 받습니다.

항목	A. 중소기업특별세액감면 선택	B. 통합투자세액공제 선택
산출세액 (2026년 세율)	80,000,000원	80,000,000원
감면 또는 투자공제	16,000,000원 (80,000,000원 × 20%)	30,000,000원 (300,000,000원 × 10%)
최저한세 (과세표준 × 7%)	35,000,000원	35,000,000원
최저한세 확인 후 세액	64,000,000원	50,000,000원
연구·인력개발비 세액공제 (80,000,000원 × 25%)	20,000,000원	20,000,000원
결정세액	44,000,000원	30,000,000원
농어촌특별세	0원	6,000,000원 (30,000,000원 × 20%)
합계	44,000,000원	36,000,000원

이 해에는 B가 8,000,000원 적습니다. 고르지 않은 쪽은 다음 해로 넘어가지 않는다는 점도 기억해야 합니다. A를 고르면 투자공제 30,000,000원은 사라지고, B를 고르면 올해 감면 16,000,000원을 받지 못합니다.

같은 회사가 수도권 밖에 있었다면 계산이 달라집니다. 소기업 제조업의 감면율이 30%가 되어 감면이 24,000,000원이고, 투자공제 30,000,000원에서 농어촌특별세 6,000,000원을 빼도 24,000,000원이라 두 선택의 올해 효과가 같아집니다. 공제율이나 감면율만 비교하면 B가 늘 커 보이지만, 농어촌특별세와 최저한세까지 넣어야 실제 차이가 보입니다.

적용 순서도 정해져 있습니다 — 감면 먼저, 이월되는 공제는 나중에

감면과 공제를 함께 받는 해에는 적용 순서가 결과를 바꿉니다. 법인세법 제59조는 감면을 먼저, 이월되지 않는 공제를 그다음, 이월되는 공제를 마지막에 적용하도록 정하고, 이월된 공제는 그해 새로 생긴 공제보다 먼저 씁니다. 최저한세 대상인 감면·공제와 대상이 아닌 것이 함께 있으면 대상인 것을 먼저 적용합니다(조세특례제한법 제132조 제3항).

그래서 감면과 공제를 함께 받는 해에 최저한세에 막히는 쪽은 대개 이월되는 공제이고, 막힌 금액은 사라지지 않고 다음 해로 넘어갑니다. 이 순서를 한 회사의 숫자로 따라가 보려면 세액공제를 다 받았는데 법인세가 남는 이유를 참고하시기 바랍니다.

대표의 돈 관점 — 올해 세금보다 3년 치 현금 흐름

CFP^®로서 N법인 대표와 가장 길게 이야기한 부분은 올해 8,000,000원이 아니라 그 뒤의 2년이었습니다. 투자공제를 고르면 투자완료일부터 2년 안에 그 설비를 팔거나 다른 용도로 쓸 때 공제받은 세액을 이자상당액과 함께 다시 내야 합니다. N법인은 내년에 공장 이전을 검토하고 있었기 때문에, 설비를 옮겨 계속 쓰는지 처분하는지를 먼저 정해야 했습니다.

이익 전망도 함께 봤습니다. 감면은 이익이 줄면 함께 줄어들 뿐 남는 것이 없지만, 공제는 최저한세에 막혀도 이월되어 이익이 회복되는 해에 쓸 수 있습니다. 반대로 중소기업특별세액감면은 상시근로자가 줄면 한도가 1억원에서 1명당 5,000,000원씩 줄어듭니다. 내년에 인원을 줄일 계획이 있는지, 늘릴 계획이 있는지가 감면과 공제 사이의 선택을 바꿉니다. 아낀 세금이 회사에 남으면 배당 재원과 비상장주식 가치에도 영향을 주므로, 대표 개인의 보수 계획과도 한 장에 올려 봤습니다.

지난 신고에서 빠뜨린 공제는 되돌릴 수 있습니다

중복 배제 규칙을 잘못 이해해 받을 수 있는 공제를 빠뜨렸다면, 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에는 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 이미 고른 감면을 공제로 바꾸는 것까지 가능한지는 사안마다 판단이 갈리므로, 당시 신고서와 사실관계를 놓고 따져 봐야 합니다. 고용 관련 공제를 연도별로 확인하는 방법은 고용증대세액공제와 사회보험료 세액공제, 함께 받을 수 있을까?에서, 경정청구를 판단하는 기준은 경정청구 신청할 때 대표자의 고민은?에서 다뤘습니다.

제도별로 더 읽어 볼 글

이 글은 절세·세액공제 글을 묶는 안내판 역할을 합니다. 창업 후 5년 동안 받는 감면의 요건과 추징 사유는 창업중소기업 세액감면, 적용 대상과 유의점에, 최저한세에서 빠지는 연구소 공제의 증빙은 연구인력개발비 세액공제 적용 시 증빙 관리 기준에 정리해 두었습니다.

CFP^®가 신고 전에 함께 보는 네 가지

세무 신고는 올해 받을 수 있는 감면과 공제를 정확히 계산해 확정하는 일입니다. CFP^®는 그 선택이 회사의 몇 년 치 현금 흐름과 대표의 계획에 어떻게 이어지는지를 봅니다. N법인과 함께 확인한 것은 네 가지였습니다.

첫째, 올해 받을 수 있는 감면과 공제를 빠짐없이 적고 금액을 매기는 것입니다. 둘째, 위 조합표로 하나만 골라야 하는 쌍을 표시하는 것입니다. 셋째, 쌍마다 최저한세와 농어촌특별세를 넣은 실제 차이와, 고른 쪽에서 이월되는 금액을 계산하는 것입니다.

넷째, 내년의 투자·채용·이전 계획입니다. 2년 사후관리, 인원 감소에 따른 감면한도 축소, 고용 공제의 추징 요건이 모두 내년 계획에 걸려 있으므로, 올해 숫자만으로 고르지 않습니다.

N법인이 정한 세 가지

상담을 마치며 N법인 대표가 정한 일은 세 가지였습니다. 올해는 통합투자세액공제를 고르되, 공장 이전 때 설비를 처분하지 않고 옮겨 쓰는 것으로 이전 계획을 맞춘다. 농어촌특별세 6,000,000원을 3월 납부 자금 계획에 따로 넣는다. 내년 채용 계획이 정해지면 통합고용세액공제와 중소기업특별세액감면 조합을 다시 계산한다. 감면과 공제는 많이 받는 것보다 무엇을 골라 언제 쓰느냐가 금액을 정한다는 것을 숫자로 확인한 상담이었습니다.

이 글의 계산은 2026년 10월에 확인한 조세특례제한법(2026. 9. 18. 시행), 법인세법, 농어촌특별세법 조문을 바탕으로 한 예시이며, 법인지방소득세와 통합고용세액공제 금액은 반영하지 않았습니다. 실제 결과는 업종과 사업장 위치, 감면 대상 소득의 범위, 다른 공제 구성에 따라 달라집니다. 올해 받을 감면과 공제를 내년 계획까지 놓고 함께 골라 보고 싶으시면 플러스원자문그룹 상담 신청에 올해 예상 이익과 투자·채용 계획을 남겨 주세요.