중소기업 M&A 세무실사 핵심 계정과 주식양수도·자산양수도 세금 비교

최종 수정일: 2026년 10월 12일

이 글은 중소기업 M&A를 주식양수도로 할 때와 자산양수도로 할 때 세금이 어느 지점에서 갈라지는지를 계산 순서로만 정리한 노트입니다. 세율이 거래 구조에 따라 달라지는 세목(법인세, 부가가치세, 취득세)은 금액을 계산하지 않고 발생 단계만 적습니다. 숫자가 필요한 부분에는 하나의 가정 사례를 공통으로 씁니다. (가정) 인수 대상은 조세특례제한법상 중소기업인 비상장법인이고, 매수자는 지분 100%를 1,000,000,000원에 인수합니다. 매도자(개인 주주)의 주식 취득가액은 200,000,000원, 대상법인의 순자산가액은 700,000,000원, 대상법인에는 2020년 1월 1일 이후 개시 사업연도에 발생한 이월결손금 500,000,000원이 남아 있으며, 인수 후 대상법인의 각 사업연도 소득은 300,000,000원으로 일정하다고 둡니다. 실사 소요 기간은 중소기업 기준 보통 2~4주이며, 매각을 준비하는 쪽이라면 6개월~1년 전 예비 실사가 권장됩니다.

계산 1 — 주식양수도: 매도자의 세금

주식양수도는 주주가 보유 주식을 매수자에게 넘기는 구조입니다. 법인격은 그대로 유지되고, 매도자인 주주에게 양도소득세와 증권거래세가 발생합니다.

1. 양도차익 = 양도가액 − 취득가액 = 1,000,000,000원 − 200,000,000원 = 800,000,000원(가정).
2. 매도자가 지분 100%를 보유한 대주주이므로 대주주 세율을 적용합니다. 과세표준 3억원 이하분 20%, 초과분 25%: 300,000,000원 × 20% + 500,000,000원 × 25% = 60,000,000원 + 125,000,000원 = 185,000,000원(소득세법 제104조).
3. 참고로 같은 금액을 대주주가 아닌 소액주주가 양도했다면 중소기업 주식은 10%(800,000,000원 × 10% = 80,000,000원), 그 외 주식은 20%(160,000,000원)가 적용됩니다. 매도자가 대주주인지 소액주주인지가 세율을 가르는 첫 번째 변수입니다.
4. 증권거래세는 양도가액 1,000,000,000원을 기준으로 별도 발생합니다. 비상장주식의 증권거래세율 0.35%를 적용하면 1,000,000,000원 × 0.35% = 3,500,000원입니다.
5. 위 2·3단계는 양도소득세 세율만 적용한 값이며, 기본공제·지방소득세 등 다른 요소는 반영하지 않았습니다.

계산 2 — 주식양수도: 매수자의 세금과 승계되는 것들

1. 매수자가 취득한 지분이 50%를 초과하면 과점주주가 되어 대상법인이 보유한 부동산 등에 대해 간주취득세가 발생합니다. 가정 사례는 지분 100% 취득이므로 과점주주 해당. 세율과 과세표준 산정 방식은 거래마다 달라 금액은 계산하지 않고, 그 구조는 부동산 보유 법인의 과점주주 간주취득세에서 다룹니다.
2. 영업권: 주식 취득 대가는 주식의 취득가액이 되므로 영업권이 발생하지 않습니다. 1,000,000,000원 − 순자산 700,000,000원 = 300,000,000원의 차액이 있어도 매수자가 손금으로 상각할 영업권은 0원입니다.
3. 이월결손금: 법인격이 유지되므로 결손금 500,000,000원은 대상법인에 그대로 남습니다. 최대주주가 바뀌는 것만으로 결손금이 소멸하지는 않습니다(활용 계산은 계산 4).
4. 과거 세무 리스크: 법인격 전체를 인수하므로 과거 미확정 세금과 소송 리스크도 함께 인수합니다. 이 때문에 실사에서 확인한 가지급금 잔액 등은 거래가격에서 차감하거나 인수 전 정리를 요구하는 방식으로 조정됩니다(계산 5).

계산 3 — 자산양수도: 매도자와 매수자의 세금

자산양수도는 법인이 아니라 개별 자산과 부채를 골라서 넘기는 구조입니다. 매도자가 법인이면 자산양도차익에 법인세와 부가가치세가, 매도자가 개인사업자이면 양도소득세·사업소득세 등과 부가가치세가 발생합니다. 매수자는 영업양수인으로서 개별 자산별로 취득세를 부담합니다.

1. 매도법인의 자산양도차익에 대한 법인세: 법인의 다른 소득과 합산되어 세율이 정해지므로 여기서는 금액을 계산하지 않습니다.
2. 부가가치세: 자산 양도 시 매도자(법인·개인 모두) 쪽에서 발생합니다. 세율 미기재로 금액은 계산하지 않습니다.
3. 매수자의 취득세: 인수한 개별 자산마다 발생합니다. 세율 미기재로 금액은 계산하지 않습니다.
4. 영업권(가정): 양수대가 1,000,000,000원 − 인수한 순자산가액 700,000,000원 = 300,000,000원을 영업권으로 계상합니다.
5. 영업권 상각: 300,000,000원 ÷ 5년(정액) = 연 60,000,000원을 5년 동안 손금에 산입할 수 있습니다. 5년 합계 60,000,000원 × 5년 = 300,000,000원.
6. 이월결손금: 대상법인의 결손금 500,000,000원은 매도법인에 남고 매수자에게 승계되지 않습니다. 매수자 입장에서 승계되는 결손금은 0원입니다.
7. 과거 세무 리스크: 선택한 자산·부채만 인수하므로 과거 리스크를 차단하기에 유리합니다.

계산 4 — 이월결손금은 ‘언제까지, 얼마나’ 쓸 수 있는가

인수 대상 법인의 이월결손금은 과거 적자 기록이 아니라 향후 법인세를 줄여 주는 자산의 성격을 갖습니다. 다만 공제기간, 공제한도, 승계 요건이라는 세 가지 제약을 숫자로 확인해야 합니다.

1. 공제기간: 2020년 1월 1일 이후 개시 사업연도에 발생한 결손금은 15년, 그 이전 발생분은 10년 동안 이월공제됩니다. 가정 사례의 500,000,000원은 2020년 이후 발생분이므로 남은 활용 기간은 발생 사업연도부터 15년입니다.
2. 공제한도 — 일반 법인: 각 사업연도 소득의 80%까지만 공제(법인세법 제13조 제1항). 연간 공제 가능액 = 300,000,000원 × 80% = 240,000,000원. 1년차 240,000,000원, 2년차 240,000,000원, 3년차 500,000,000원 − 480,000,000원 = 20,000,000원 공제로 3개 사업연도에 걸쳐 소진됩니다. 1·2년차에는 각각 300,000,000원 − 240,000,000원 = 60,000,000원의 과세표준이 남습니다.
3. 공제한도 — 중소기업: 조세특례제한법상 중소기업은 소득 범위 내 100% 공제. 연간 공제 가능액 = 300,000,000원 × 100% = 300,000,000원. 1년차 300,000,000원, 2년차 500,000,000원 − 300,000,000원 = 200,000,000원 공제로 2개 사업연도에 소진되고, 1년차 과세표준은 0원입니다.
4. 두 경우의 차이: 1년차 공제액 차이 = 300,000,000원 − 240,000,000원 = 60,000,000원. 인수 후에도 중소기업 기준을 계속 충족하는지가 이 차이를 좌우합니다. 인수로 규모가 커져 중소기업 기준을 벗어나면 2단계의 80% 한도로 돌아갑니다.
5. 합병 구조인 경우: 피합병법인의 결손금은 적격합병 요건(지분의 연속성, 사업의 계속성, 고용유지 등)을 충족하지 못하면 승계되지 않거나 사용에 제한이 생깁니다(법인세법 제45조). 비적격합병이면 승계되는 결손금은 0원으로 보고 가치를 평가해야 합니다.
6. 자산양수도 구조인 경우: 계산 3의 6단계와 같이 승계분 0원.

계산 5 — 실사에서 거래가격을 조정하게 만드는 핵심 계정

주식양수도에서는 법인의 과거가 그대로 인수되므로, 다음 계정은 잔액과 경위를 확인한 뒤 거래가격 차감 또는 인수 전 정리 조건으로 반영합니다. 금액은 회사마다 다르므로 확인 순서만 적습니다.

1. 가지급금(대표자가 회사 자금을 가져간 경우): 잔액과 발생 경위를 확인합니다. 세무상 인정이자가 익금에 산입되고, 이에 대응하는 지급이자는 손금불산입되는 두 가지 불이익이 겹칩니다. 매수자는 잔액만큼 거래가격을 차감하거나 인수 전 정리를 요구하는 경우가 많습니다. 인정이자 계산 구조와 세부담 예시는 대표이사 대여금과 업무무관 가지급금: 계약서·이자만으로 해결되지 않는 이유에서 다룹니다.
2. 가수금(대표자가 회사에 빌려준 경우): 최초 입금 경위와 자금 출처를 확인합니다. 그 자체로는 세무 문제가 크지 않지만, 출자전환이나 일시 상환 과정에서 자금 원천을 소명하지 못하면 증여세나 소득세 문제로 번질 수 있습니다.
3. 매출·매입의 적격증빙: 세금계산서 없이 처리된 현금 매출, 가공 매입세금계산서를 통한 비용 부풀리기 여부를 은행 거래 내역과 부가가치세·법인세 신고 자료와 대사해 확인합니다. 점검 대상 기간은 보통 최근 3~5년입니다. 발견되면 매도자가 부담할 과거 세금이 생기고, 향후 세무조사 가능성이 거래가격에 반영됩니다.
4. 인건비·복리후생비: 실제 근무하지 않는 친인척에게 급여를 지급했는지, 퇴직금을 과다 계상했는지 확인합니다. 특수관계인 거래에서 경제적 합리성이 없다고 보면 부당행위계산부인(법인세법 제52조) 대상이 되어 손금 부인으로 법인세가 추징될 수 있습니다. 판단 기준과 세부담 계산 구조는 계열사·가족법인끼리 거래했을 뿐인데에서 자세히 다룹니다.
5. 재고자산: 실제 가치가 없는 재고가 장부에 남아 있는지, 손상차손 처리가 되었는지 확인합니다. 처리되지 않았다면 자산가액이 부풀려진 것으로 보여 순자산가액(계산 3의 700,000,000원에 해당하는 값)이 달라집니다.
6. 고정자산: 감가상각이 세법 기준(내용연수, 상각방법)에 맞는지, 취득 시 세금계산서를 제대로 수취했는지 확인합니다.
7. 적자 기업이라도 원천징수 의무 불이행, 부가가치세 과소신고, 인건비 문제는 발생할 수 있으므로, 결손금이 있다는 사실이 실사 범위를 줄여 주지는 않습니다. 세무 신고를 마쳤다는 사실도 적법성을 보장하지 않으며, 실사는 신고 내용이 세법에 실제로 부합하는지 재검증하는 절차입니다.

해석 — 구조 선택이 숫자를 바꾸는 지점

가정 사례에서 매도자 쪽 숫자는 분명합니다. 주식양수도라면 양도차익 800,000,000원에 대주주 세율(20%·25%)이 적용되어 185,000,000원과 증권거래세 3,500,000원이 되고, 자산양수도라면 같은 차익이 매도법인의 법인세와 부가가치세 단계를 거치게 됩니다. 매수자 쪽에서는 방향이 반대입니다. 주식양수도는 영업권 상각이 0원이지만 결손금 500,000,000원이 법인에 남아 중소기업이면 2개 사업연도, 일반 법인이면 3개 사업연도에 걸쳐 과세표준을 줄여 줍니다. 자산양수도는 결손금 승계가 0원이지만 영업권 300,000,000원을 5년 동안 연 60,000,000원씩 손금으로 쓸 수 있고, 과거 리스크를 끊을 수 있습니다. 결손금 규모만 보고 인수를 결정하면 공제한도 80%·공제기간 15년·적격합병 요건이라는 제약을 놓쳐 절세 효과를 과대평가하게 됩니다(법인세법 제13조 제1항, 제45조).

계산 5의 계정들은 어느 구조를 택하든 순자산가액과 거래가격을 바꾸는 변수이므로, 실사에서는 결손금의 잔액뿐 아니라 ‘언제까지, 얼마나’ 공제받을 수 있는지와 가지급금·적격증빙·특수관계인 인건비(법인세법 제52조)의 조정액까지 함께 계산해야 기업가치가 맞습니다. 대상법인이 자기주식을 보유하고 있다면 지분 이동 전 평가 단계에서 확인할 점이 더 있는데, 그 내용은 기업가치평가 중 자기주식을 보유한 비상장법인, 지분 이동 전 확인해야 할 3가지 평가 포인트에서 정리했습니다.

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