계열사·가족법인끼리 거래했을 뿐인데, 법인세를 더 내라는 통지서가 온다면 — 부당행위계산부인 완전정리

최종 수정일: 2026년 10월 12일

아래 이야기는 계열사·가족법인 거래에서 실제로 반복되는 흐름을 한 사례로 묶어 재구성한 것입니다. 인물·업종·금액은 설명을 위한 가정이며, 적용한 기준과 조문은 본문에 그대로 인용했습니다.

첫째 날 — 봉투 안에 들어 있던 것

제조업 A법인을 20년 넘게 운영해 온 대표님(가정)이 사무실에 도착한 세무서 우편물을 들고 상담실에 오셨습니다. 봉투 안에는 두 장이 들어 있었습니다. 하나는 2년 전 A법인이 공장 옆 사옥을 가족법인 B법인에 양도한 거래에 대해 법인세 과세표준을 다시 계산하겠다는 통지, 다른 하나는 A법인이 B법인에 자금을 빌려주면서 이자를 받지 않은 부분에 대한 안내였습니다.

대표님의 첫 말씀은 이랬습니다. “계약서도 썼고, 등기도 넘겼고, 법인세 신고도 다 했습니다. 우리 회사끼리 거래한 건데 왜 세금을 더 내라고 합니까.” 이 질문에 답하려면 통지서에 적힌 조문부터 읽어야 했습니다. 법인세법 제52조, 부당행위계산의 부인입니다.

이 조문이 보는 것은 계약서가 있었는지, 신고를 했는지가 아닙니다. 특수관계인과의 거래가 “건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 것으로 인정되는 행위·계산”이었는지입니다. 그렇게 인정되면 세법은 그 거래를 당사자가 정한 가격이 아니라 시가로 다시 계산해 법인세를 과세합니다. 대표님이 한 신고가 틀렸다는 뜻이 아니라, 거래 가격 자체를 세법이 인정하지 않겠다는 뜻이었습니다.

둘째 날 — “우리 가족 회사가 특수관계인입니까”

다음 날 대표님은 A법인과 B법인의 주주명부를 가져오셨습니다. A법인은 대표님이 대부분의 지분을 보유하고, B법인은 배우자와 자녀 명의로 설립된 부동산 임대 목적의 가족법인이었습니다. 대표님은 “저는 B법인 주주가 아닌데도 특수관계가 됩니까”라고 물으셨습니다.

특수관계인의 범위는 법인세법 시행령 제2조 제5항이 정하고 있고, 실무에서는 세 유형으로 나누어 봅니다.

1. 친족관계 — 2023년 이후에는 4촌 이내의 혈족, 3촌 이내의 인척으로 범위가 축소되었습니다. 배우자와 자녀는 당연히 포함됩니다.
2. 경제적 연관관계 — 임원, 사용인, 본인의 생계를 유지하는 자 등입니다.
3. 경영지배관계 — 발행주식총수 또는 출자총액의 30% 이상을 출자하는 등 법인을 지배하는 관계입니다. 이때 본인 지분만 보는 것이 아니라 친족의 지분을 합산해 판단합니다.

대표님이 B법인 주식을 한 주도 갖고 있지 않더라도, 배우자와 자녀의 지분을 합산하면 B법인은 대표님 쪽이 지배하는 법인입니다. A법인과 B법인은 세 번째 유형, 경영지배관계로 묶입니다. “주주명부에 내 이름이 없으니 남의 회사”라는 판단이 통하지 않는 지점이 여기였습니다.

셋째 날 — 통지서가 문제 삼은 두 거래

특수관계가 확인되면 다음은 어떤 거래가 부당행위 유형에 해당하는지입니다. 법인세법 시행령 제88조는 유형을 열거하는데, 실무에서 자주 걸리는 것은 다음 네 가지입니다.

1. 자산의 고가매입 또는 저가양도
2. 금전의 무상 또는 저리 대여
3. 자산·용역의 무상 또는 저가 제공
4. 합병·분할, 증자·감자 등 불공정한 자본거래

대표님 통지서의 첫 장은 1번, 둘째 장은 2번이었습니다. 사옥 양도는 A법인이 B법인에 자산을 시가보다 싸게 넘긴 저가양도로, 자금 대여는 이자를 받지 않은 무상 대여로 각각 지목된 것입니다.

자금 대여 쪽은 구조가 비교적 단순했습니다. 적정이자율은 원칙적으로 가중평균차입이자율이고, 예외적으로 당좌대출이자율 연 4.6%를 선택할 수 있는데, A법인은 어느 쪽도 적용하지 않고 이자를 받지 않았습니다. 대표님은 “회사 돈을 회사에 빌려준 것이지 내가 쓴 게 아니다”라고 하셨지만, 특수관계인에 대한 무상 대여는 그 자체로 부당행위 유형입니다. 이 구조는 대표이사 개인에게 빌려준 경우와 같은 뿌리에서 나오며, 계산 방식과 세부담은 대표이사 대여금과 업무무관 가지급금을 다룬 글에서 따로 정리했으므로, 여기서는 사옥 양도 쪽에 집중했습니다.

넷째 날 — 첫 번째 숫자, 4,000,000,000원과 3,500,000,000원

통지서에 적힌 사옥의 시가는 4,000,000,000원이었고, A법인이 B법인에 양도한 가격은 3,500,000,000원이었습니다. 대표님은 “5억 정도 싸게 넘긴 것이 그렇게 큰 문제입니까. 공실도 있었고 급하게 정리해야 했습니다”라고 하셨습니다.

여기서 기준이 되는 것이 시행령 제88조 제3항의 “현저한 이익” 기준입니다. 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상이면 현저한 이익으로 보고, 두 기준 중 하나만 충족해도 부인 대상이 됩니다. 대표님 거래에 그대로 대입해 보았습니다.

1. 시가 − 거래가액 = 4,000,000,000원 − 3,500,000,000원 = 500,000,000원
2. 3억원 기준: 500,000,000원 ≥ 300,000,000원 → 충족
3. 시가의 5% = 4,000,000,000원 × 5% = 200,000,000원
4. 5% 기준: 500,000,000원 ≥ 200,000,000원 → 충족
5. 결론: 두 기준을 모두 넘으므로 부당행위계산부인 대상

대표님이 “그럼 얼마까지였으면 괜찮았습니까”라고 물으셔서, 같은 시가에서 3,900,000,000원에 양도했다면 어땠을지 함께 계산했습니다.

1. 시가 − 거래가액 = 4,000,000,000원 − 3,900,000,000원 = 100,000,000원
2. 3억원 기준: 100,000,000원 < 300,000,000원 → 미달
3. 5% 기준: 100,000,000원 < 200,000,000원 → 미달
4. 결론: 두 기준 모두 미달이므로 원칙적으로 대상이 아님

차액 1억원과 5억원의 차이가 과세 여부를 갈랐습니다. 다만 이 계산은 “시가 4,000,000,000원”이 전제입니다. 대표님은 바로 그 전제를 다투고 싶어 하셨습니다.

다섯째 날 — 대표님이 멈춘 지점, “시가는 누가 정하는가”

“그 건물 시가가 40억이라는 건 세무서 생각이고, 우리는 35억이 맞다고 봤습니다. 공실률도 있고 바로 옆 건물은 더 싸게 팔렸습니다.” 대표님의 반론은 당연한 것이었습니다. 그런데 거래 당시 A법인은 감정평가를 받지 않았고, 이사회 회의록에도 가격을 어떻게 정했는지 기록이 없었습니다. 두 법인 대표가 같은 사람이니 굳이 적을 필요가 없다고 생각했던 것입니다.

시가는 회사가 내부적으로 정한 가격이 아닙니다. 감정평가액, 유사 매매사례가액 같은 객관적 자료가 우선 적용되고, 그런 자료가 없어 시가 산정이 어려우면 상속세및증여세법의 보충적 평가방법을 따릅니다. 부동산은 공시지가나 감정가액, 비상장주식은 순자산가치와 순손익가치의 가중평균으로 평가합니다. 과세관청이 4,000,000,000원을 시가로 본 근거도 이 틀 안에 있었습니다.

이 시점에서 대표님이 갖고 있던 세 가지 믿음을 하나씩 정리했습니다. 첫째, “계약서를 제대로 썼으니 문제없다”는 믿음입니다. 계약서의 존재가 아니라 제3자와 거래했다면 같은 조건이었을지가 핵심이고, 계약서에 특수관계인에게만 유리한 조건이 적혀 있으면 오히려 과세관청의 입증 자료가 됩니다. 둘째, “시가는 우리 회사가 정하면 된다”는 믿음은 위에서 본 대로 성립하지 않습니다. 셋째, “세금만 더 내면 끝”이라는 믿음인데, 이것이 가장 큰 오해였습니다.

여섯째 날 — 법인세로 끝나지 않는 구조

부인이 확정되면 과세는 두 갈래로 갈라집니다. 먼저 A법인 쪽입니다. 시가와 거래가액의 차액 500,000,000원이 익금에 산입되어 법인세 과세표준이 그만큼 늘어나고, 늘어난 세액에는 국세기본법 제47조의3에 따른 과소신고가산세가 붙습니다. 일반적인 과소신고는 10%, 부정행위로 인정되면 40%입니다.

다음은 소득처분입니다. 법인세법 시행령 제106조는 익금에 산입한 금액이 누구에게 귀속되었는지에 따라 처분을 달리합니다.

1. 귀속자가 주주이면 배당
2. 귀속자가 임원·사용인이면 상여
3. 그 밖의 자이면 기타소득
4. 귀속이 불분명하면 대표자에 대한 상여

소득처분이 되면 귀속자 개인에게 소득세가 별도로 발생합니다. 대표님의 통지서에는 귀속이 불분명하다는 전제로 대표자 상여로 처분한다는 내용이 들어 있었습니다. 그렇게 되면 A법인의 법인세와 가산세에 더해, 대표님 개인의 종합소득세까지 세 겹으로 늘어납니다. 대표님이 여러 법인의 지분을 가진 구조에서는 한 법인의 거래가 다른 법인과 대표 개인의 세금 문제로 번지는 전형적인 경로였습니다.

일곱째 날부터 — 소명 자료를 어떻게 만들었나

소명의 방향은 두 가지로 잡았습니다. 하나는 거래의 경제적 합리성을 보이는 것, 다른 하나는 차액의 귀속을 명확히 하는 것입니다.

경제적 합리성 쪽에서는 경영상 긴급한 필요성과 시장 상황의 특수성을 사실로 보여야 했습니다. 당시 A법인의 자금 사정, 매각을 서둘러야 했던 이유, 공실 현황, 인근 거래 사례를 모아 정리했습니다. 통지를 받았다고 해서 무조건 세금을 내야 하는 것은 아니며, 경제적 합리성을 뒷받침하는 사실을 소명하면 과세를 다투거나 세액을 줄일 여지가 있습니다. 다만 결과는 사안별 사실관계에 따라 크게 달라집니다.

귀속 쪽은 비교적 명확했습니다. 양도대금 3,500,000,000원은 B법인 계좌에서 A법인 계좌로 이체되었고, 등기도 B법인 명의였습니다. 차액 500,000,000원의 이익을 받은 쪽은 대표님 개인이 아니라 B법인이라는 점을 자금 흐름과 등기부로 입증하면, “귀속 불분명”을 전제로 한 대표자 상여 처분은 다툴 수 있었습니다.

결론 — 남은 것과 바뀐 것

소명 결과(가정), 익금산입 500,000,000원 자체는 거래 당시 객관적 시가 자료가 없었던 탓에 그대로 유지되었습니다. 대신 차액의 귀속이 B법인임이 자금 흐름으로 입증되어 대표자 상여 처분은 벗어났고, 가산세는 부정행위가 아닌 일반 과소신고로 보아 10%가 적용되었습니다. 귀속자가 B법인으로 확인된 차액은 대표자 상여가 아니라 기타사외유출로 처분됩니다.

대표님께 드린 마지막 말씀은 이것이었습니다. 3억원 또는 시가의 5%라는 기준선을 거래 전에 알고 있었다면, 감정평가 비용 하나로 이 모든 과정을 피할 수 있었다는 것입니다. 사후 소명은 사전 평가보다 언제나 비용이 큽니다. 그래서 대표님 두 법인 사이의 거래에 대해 다음 여섯 가지를 거래 전에 점검하는 절차를 만들었습니다.

1. 거래 상대방이 특수관계인에 해당하는지 — 친족 지분을 합산해 30% 기준을 봅니다.
2. 시가를 감정평가액 등 객관적 자료로 확보했는지.
3. 시가와 거래가액의 차이가 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상인지.
4. 금전 대여라면 가중평균차입이자율 또는 당좌대출이자율 연 4.6%를 적용했는지.
5. 거래 조건을 정한 이사회 회의록 등 내부 의사결정 자료를 남겼는지.
6. 반복되는 소액 거래가 있다면 합산했을 때 기준을 넘지 않는지 — 건별로 기준에 못 미친다는 이유만으로 안심할 수 없습니다.

계열사나 가족법인 사이에 금액이 크거나 반복되는 거래를 계획하고 계시다면, 계약서를 쓰기 전 단계에서 시가 검토와 세무 시뮬레이션을 먼저 해보시길 권합니다. 거래 구조를 함께 점검받고 싶으시면 플러스원자문그룹 상담 신청으로 연락 주시기 바랍니다.