특수관계자 간 부동산 임대차 시 적정임대료 판단

최종 수정일: 2026년 11월 3일

“어차피 우리 회사가 쓰는 건물인데, 임대료를 조금 낮게 받아도 문제없겠죠?” 대표님 개인 소유 부동산을 법인이 사용하거나, 반대로 법인 소유 부동산을 대표님이나 특수관계에 있는 다른 법인이 사용하는 경우 자주 나오는 질문입니다.
특수관계자 간 거래는 시장 논리보다 편의나 관계에 따라 대가가 정해지기 쉬운데, 세법은 바로 이 지점을 “부당행위계산”이라는 이름으로 별도로 들여다봅니다. 임대료를 얼마로 정하느냐에 따라 법인세·소득세뿐 아니라 증여세까지 걸릴 수 있어, 결정 전에 “적정임대료”가 어떻게 계산되는지 미리 알아두는 것이 중요합니다.

왜 문제가 되는가 — 부당행위계산부인의 기본 구조

법인이 특수관계에 있는 자(대표이사, 지배주주, 계열사 등)에게 부동산을 시세보다 낮은 임대료로 빌려주거나 무상으로 사용하게 하면, 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인)에 따라 법인이 정상적인 임대료(시가)를 받은 것으로 보아 그 차액만큼 법인의 소득에 더해 법인세를 계산합니다. 개인사업자가 특수관계인에게 저가·무상으로 임대하는 경우에도 소득세법 제41조(부당행위계산) 및 시행령 제98조에 따라 마찬가지 원리가 적용됩니다.

즉, 실제로 받은 임대료가 얼마인지와 무관하게, 세법상 “받았어야 할” 적정임대료를 기준으로 세금이 계산될 수 있다는 뜻입니다. 문제는 이 “받았어야 할 임대료”를 어떻게 계산하느냐인데, 여기서부터 실무 쟁점이 시작됩니다.

적정임대료(시가) 계산 공식

매매 사례가 있는 일반적인 시가와 달리, 임대료는 비교할 만한 시장 거래가 마땅치 않은 경우가 많습니다. 이런 경우 법인세법 시행령 제89조에 따라 다음과 같은 방식으로 임대료 시가를 계산하는 것이 실무상 널리 쓰입니다.

적정임대료(연간) = (부동산 시가 × 50% − 임대보증금) × 정기예금이자율
※ 정기예금이자율은 국세청 고시로 매년(또는 수시로) 바뀌므로, 계산 시점의 최신 고시 이자율을 반드시 국세청 홈택스에서 확인해야 합니다.

여기서 말하는 “부동산 시가”는 원칙적으로 감정평가액 등 시가를 우선하되, 시가 산정이 어려운 경우 상증세법상 보충적 평가방법(기준시가 등)을 준용하는 방식이 실무에서 자주 활용됩니다. 임대보증금이 있다면 시가의 절반에서 이를 차감한 금액에 이자율을 곱하는 구조이므로, 보증금을 많이 받을수록 계산상 적정임대료는 낮아지는 특징이 있습니다.

언제 “부당행위”로 걸리는가 — 현저한 이익의 기준

실제 임대료가 위 계산식으로 산출된 적정임대료보다 낮다고 해서 무조건 부당행위계산부인 대상이 되는 것은 아닙니다. 법인세법 시행령에 따르면, 시가와 실제 거래가액(임대료)의 차액이 시가의 5% 이상이거나 3억원 이상인 경우에 “현저한 이익을 분여한 것”으로 보아 부당행위계산부인 규정이 적용됩니다. 이 두 기준 중 하나만 충족해도 적용 대상이 되므로, 임대료 차이가 크지 않더라도 부동산 가액 자체가 크면 3억원 기준에 걸릴 수 있다는 점을 유의해야 합니다.

증여세도 함께 검토해야 합니다

법인이 아니라 개인 간(예: 부모 소유 부동산을 자녀가 무상 또는 저가로 사용) 거래라면 상속세및증여세법 제37조(부동산 무상사용에 따른 이익의 증여)도 함께 살펴야 합니다. 특수관계인의 부동산을 무상으로 사용해 5년간 얻은 이익이 1억원 이상이면, 그 이익 상당액을 증여받은 것으로 보아 증여세가 과세됩니다. 무상사용이익은 통상 부동산가액에 일정 사용요율(연 2% 수준)을 곱한 금액을 5년치 현재가치로 환산해 계산하며(상증세법 시행령 제27조, 시행규칙 제10조), 사용을 개시한 날을 증여일로 보아 5년 단위로 다시 과세 여부를 판단합니다. 완전히 무상은 아니고 일부 임대료를 받는 저가 사용의 경우에도, 정상 임대료와의 차액이 일정 기준을 넘으면 마찬가지로 증여세 이슈가 발생할 수 있습니다.

부가가치세는 별도로 확인이 필요합니다

부동산 임대용역은 원칙적으로 부가가치세 과세 대상이며, 특수관계인에게 시가보다 낮은 대가로 공급하는 경우 부가가치세법상 공급가액을 시가로 보아 과세할 수 있는 규정이 있습니다. 무상으로 제공하는 경우에도 사업용 부동산의 임대용역이라면 과세 대상에서 완전히 제외된다고 단정하기 어려운 사례들이 있어, 계약 형태(유상/무상, 보증금 유무)를 정할 때 부가가치세 처리까지 함께 세무대리인과 확인하는 것이 안전합니다.

실무에서 본 사례
대표이사 개인 소유 건물을 법인 본사 사옥으로 사용하면서, “어차피 내 건물이니 임대료를 최소화하자”는 생각으로 시세보다 크게 낮은 임대료를 책정한 사례가 실무에서 종종 있습니다. 이 경우 법인 입장에서는 임대료를 적게 지급해 비용이 줄어드는 것처럼 보이지만, 반대로 대표이사 개인은 실제보다 적은 임대소득만 신고하게 되어 개인 소득세법상 부당행위계산부인 대상이 될 수 있고, 법인 역시 지급이자·손금 처리 등에서 별도로 영향을 받을 수 있습니다. 임대료를 “낮게” 정하는 것이 항상 유리한 것은 아니며, 법인과 개인 양쪽의 세부담을 함께 시뮬레이션해 보는 것이 필요한 이유입니다.

거래 구조별 비교

구분	적정임대료 수준	저가·무상 임대 시 위험
개인 → 법인 임대(대표 소유 건물을 법인이 사용)	소득세법상 시가 기준	개인(임대인) 부당행위계산부인 — 임대소득 과소 신고 위험
법인 → 개인 임대(법인 소유 건물을 대표가 사용)	법인세법상 시가 기준	법인 부당행위계산부인 — 임대료 익금산입, 대표 상여·소득처분 가능성
법인 → 계열법인 임대	법인세법상 시가 기준	양쪽 법인 모두 세무 영향, 그룹 전체 실효세율에 영향
부모 → 자녀 무상사용(개인 간)	상증세법상 무상사용이익 기준	5년간 이익 1억원 이상 시 증여세

적정임대료 산정 예시

아래는 특수관계인 간 임대차에서 임대료를 검토하는 방법을 설명하기 위한 가정 사례입니다. 실제 계약에서는 건물 위치, 층, 전용면적, 주차, 관리비, 권리금, 보증금 조건, 계약시점 등의 차이를 함께 반영해야 합니다.

1. 대상 부동산과 비교 대상 설정

법인이 대표이사 가족 소유의 사무실을 임차한다고 가정합니다.

구분	내용
대상 부동산	업무용 사무실, 전용면적 165㎡, 2층
임대보증금	30,000,000원
월 임대료	산정 필요
관리비	별도 부담
계약기간	2년

대상 부동산과 같은 생활권, 유사한 층·용도·보증금 조건의 임대사례 3건을 확인했습니다.

비교 사례	전용면적	보증금	월 임대료	㎡당 월 임대료
A	160㎡	30,000,000원	1,600,000원	10,000원
B	170㎡	30,000,000원	1,700,000원	10,000원
C	165㎡	30,000,000원	1,650,000원	10,000원

2. 대상 부동산의 기준 임대료 계산

비교 사례의 월 임대료 합계는 다음과 같습니다. 1,600,000원 + 1,700,000원 + 1,650,000원 = 4,950,000원. 이를 비교 사례 3건으로 나누면 월 평균 임대료는 다음과 같습니다. 4,950,000원 ÷ 3건 = 1,650,000원. 따라서 대상 부동산의 전용면적 165㎡에 적용할 기준 월 임대료는 다음과 같이 정리할 수 있습니다. 165㎡ × 10,000원 = 월 1,650,000원. 연간 임대료는 다음과 같습니다. 월 1,650,000원 × 12개월 = 연 19,800,000원

3. 약정 임대료와 기준 임대료의 차이

구분	월 임대료	연간 임대료	기준 임대료와의 연간 차이
비교사례 기준	1,650,000원	19,800,000원	–
저가 약정 사례	1,200,000원	14,400,000원	-5,400,000원
고가 약정 사례	2,100,000원	25,200,000원	+5,400,000원

예를 들어 월 1,200,000원으로 계약한다면, 비교사례 기준보다 연간 5,400,000원 낮습니다. 월 2,100,000원으로 계약한다면 반대로 연간 5,400,000원 높습니다. 이 차액이 곧바로 세무조정 또는 과세금액이 되는 것은 아닙니다. 다만 특수관계인 거래에서는 왜 이 가격으로 계약했는지 설명할 수 있어야 합니다. 대상 건물의 노후도, 주차 여건, 내부 시설 상태, 계약기간, 관리비 부담, 공실 위험처럼 가격 차이를 뒷받침하는 사실이 있다면 계약서와 함께 남겨 두는 것이 좋습니다.

4. 보증금 조건이 다를 때의 유의사항

위 사례는 비교 대상의 보증금 조건을 모두 30,000,000원으로 맞췄습니다. 실제 비교사례의 보증금과 월 임대료 조건이 서로 다르다면, 단순히 월세만 평균 내서는 안 됩니다. 예를 들어 보증금 100,000,000원·월세 900,000원인 사례와 보증금 10,000,000원·월세 1,800,000원인 사례는 현금흐름 구조가 다릅니다. 이 경우에는 보증금 차이를 어떤 전환율로 반영했는지, 그 전환율의 근거가 무엇인지까지 별도로 기록해야 합니다.

5. 계약 전 보관할 자료

• 비교 임대사례 3건 이상: 계약일, 위치, 면적, 층, 보증금, 월세, 관리비
• 부동산 중개 플랫폼 또는 중개업소 확인자료의 캡처본
• 대상 부동산의 사진, 도면, 주차·시설·노후도 자료
• 임대료를 조정했다면 그 사유를 적은 내부 검토 메모
• 임대차계약서, 보증금 이체 내역, 매월 임대료 이체 내역
• 법인 내부 의사결정 자료

특수관계인 간 임대차는 임대료가 높거나 낮다는 사실만으로 결론이 나지 않습니다. 비교 가능한 제3자 거래를 기준으로 가격을 정하고, 차이가 있다면 그 이유와 증빙을 계약 시점부터 남겨 두는 것이 핵심입니다.

특수관계에서 부동산 임차할 때 자주 묻는 질문

Q1. 임대료를 아예 안 받고 무상으로 쓰게 하면 더 문제인가요?
그렇습니다. 무상 사용은 적정임대료와의 차액이 100%이므로, 앞서 설명한 “시가의 5% 이상 또는 3억원 이상” 기준을 사실상 항상 충족하게 되어 부당행위계산부인 대상이 될 가능성이 높습니다. 개인 간 거래라면 증여세 문제도 함께 검토해야 합니다.

Q2. 보증금을 충분히 받으면 임대료를 낮게 받아도 괜찮나요?
적정임대료 계산식 자체에 보증금이 차감 요소로 들어가 있어, 보증금을 많이 받을수록 계산상 적정임대료는 낮아집니다. 다만 보증금 액수와 실제 임대료 수준의 조합이 세법상 요구하는 계산식과 맞는지는 개별적으로 계산해 봐야 하며, 임의로 “보증금을 많이 받았으니 안전하다”고 단정하기보다 실제 수치로 검증하는 것이 안전합니다.

Q3. 부동산 시가를 어떻게 산정해야 하나요?
감정평가를 받는 것이 가장 분쟁 소지가 적지만, 비용 부담이 있어 실무에서는 상증세법상 보충적 평가방법(기준시가 등)을 준용하는 경우도 많습니다. 다만 이 경우 실제 시세와 차이가 클 수 있어, 부동산 가액이 크거나 세무조사 리스크가 우려되는 경우라면 감정평가를 받아두는 편이 안전합니다.

관련 법령 및 참고 내용

• 법인세법 제52조 — 부당행위계산의 부인
• 법인세법 시행령 제88조 — 부당행위계산의 유형(자산·용역의 무상·저율 제공 등)
• 법인세법 시행령 제89조 — 시가의 범위(임대료 시가 계산 방법)
• 소득세법 제41조 — 부당행위계산
• 소득세법 시행령 제98조 — 부당행위계산의 유형(법인세법 시행령 준용)
• 상속세및증여세법 제37조 — 부동산 무상사용에 따른 이익의 증여
• 부모님 명의 사업용 부동산을 자녀 법인이 살 때 — 절차, 시가, 세금을 한 번에
• 계열사 있는 대표라면 필수 체크 — 일감몰아주기 증여의제와 가업승계 준비